Вскоре было предъявлено обвинение более чем трестам людям, в том числе почти всем главным дьякам московских приказов. Висковатого обвинили в заговоре с целью сдать Новгород и Псков польскому королю и посадить на трон В.А. Старицкого, в изменнических сношениях с турецким султаном и крымским ханом, которым он будто предлагал Казань и Астрахань. Тем самым опричные деятели снимали с себя многие вины за военные неудачи.
Суд и розыск по московскому делу был недолог. 25 июля 1570 г. осуждённых вывели на рыночную площадь, именовавшуюся в народе Поганой лужей. На площади были приготовлены орудия пыток, горел высокий костёр, над которым висел чан с водой; стояли виселицы. Иван Грозный явился в окружении полутора тысяч стрельцов. Висковатого распяли на кресте из брёвен и после его гордого отказа повиниться и просить о помиловании расчленили живого на глазах царя и толпы.
Так расправился Иван IV со своим испытанным советником, которого, по свидетельству современников, "любил как самого себя". Вместе с Висковатым казнили более ста человек, в том числе бывшего его помощника, главу Посольского приказа А. Васильева и государственного казначея И. Фуникова. Описывая казнь Висковатого, итальянец А. Гваньини заключал: "Таков конец превосходного мужа, выдающегося по уму и многим добродетелям, канцлера великого князя, равного которому уже не будет в Московском государстве".
