Идея создания церкви при детском приюте для религиозного воспитания детей была высказана председательницей комитета Пермского дамского попечительства о бедных А.Г. Семевской еще в 1878 г. но не было средств. В 1887 г. купцы братья Каменские пожертвовали 1000 руб., положив основание капиталу, специально назначенному на построение церкви, который в дальнейшем стал пополняться и к 1892 г. достиг 14 651 руб. 19 коп. Основатели убежища детей бедных решили посвятить будущую церковь событиям спасения от крушения царского поезда на Курско-Харьковско-Азовской дороге 6 ноября 1888 г., на что получили согласие и благодарность царской семьи.

Здание церкви Марии Магдалины. ГАПО.Ф.65.Оп.2.Д.202.Л.53а.

Проект плана церкви был составлен А. Б. Турчевичем-Глумовым в 1889 г., он же являлся и руководителем строительства церкви.

Закладка церкви проходила очень торжественно. Заранее были разосланы повестки о предстоящем событии. Вот что отмечала газета "Пермские губернские ведомости": "На месте, назначенном для постройки храма на углу Покровской и Верхотурской улиц, был выложен на дно закладки фундамент, обнесенный со стороны улиц забором и покрытый помостом, устланным коврами. Сверх того, помост был украшен зеленью из ельника и, по случаю высокоторжественного дня, флагами". Торжество было начато крестным ходом с принесением св. иконы и хоругви из Петропавловского собора. На закладке церкви присутствовали: "Преосвященный Владимир, епископ Пермский и Соликамский со старшим городским духовенством. Пермский губернатор тайный советник В.В. Лукошков, начальник 21-й местной бригады генерал-лейтенант А.Е. Баранов, председательница Пермского дамского попечительства о бедных А.Г. Семевская, члены попечительства, представители губернских учреждений, города и земства и многочисленная публика".

Перестройка здания Марие-Магдалининской церкви под учебное заведение. 1934 г. ГАПО.Ф.р-1706.Оп.1.Д.334.

В фундамент церкви было заложено несколько памятных "досок" о том, во имя чего заложена церковь, кто совершил закладку, имена почетных гостей, а также в цинковом футляре акт о сооружении церкви, написанный тушью на особой прочной бумаге, и книга "Очерк о 25-летней деятельности Пермского дамского попечительства о бедных 1862-1887 гг.". Постройка здания церкви была проведена за три года. "14 сентября 1892 г. состоялось собравшее массу публики торжество освящения крестов и колоколов во время молебствия, и затем поднятия четырех крестов, из них золоченые два - на купол и на колокольню и два зеркальных - над алтарем и входом; семь колоколов, изготовленных в г. Слободском Вятской губернии на заводе по заказу комитета". Церковь св. Марии Магдалины действовала всего лишь 26 лет. С победой большевистской революции прекратил свою деятельность комитет Пермского дамского попечительства о бедных, учрежденный им приют и церковь.

Современный вид здания бывшей церкви Марии Магдалины (ул. Ленина, 11). Из новых погступлений.

В 1922 году здание церкви значилось в списке муниципализированных домов по декрету 1918 года об отделении церкви от государства. В 1926-1928 годах имущество церкви находилось на хранении в Петропавловском соборе. По распоряжениям административного отдела при исполнительном окружном комитете имущество церкви святой Марии Магдалины было передано другим церквям, а в частности, Балмашинскому религиозному обществу и Введенской религиозной общине Ильинского района. В начале 1930 годов здание было перестроено под учебное заведение, с 1930 года по 1975 год в здании размещался нефтянной техникум.

В настоящее время здание сохранилось в измененном виде. Ныне принадлежит Пермскому научному Центру Уральского отделения АН России.